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Holy Knightsはシナリオ重視と謳っていますが、実はシステムにも結構力を入れているのです。 ここでは代表的な２つのシステムをご紹介しましょう。 文通システム 　Holy Knight'sのメインシステム。ストーリーには一切関係の無い、 完全なお遊び要素であるにも関わらず、制作者の莫大な手間と時間と愛情が込められている。
	内容は、町人の中から文通相手を見つけ、手紙のやりとりをするというもの。 選択肢により、自分で話題を振ったり、相手の話題に対するレスをしたりと、 ほぼ自分の思い通りに文通を進めることができる。とてもリアルなやりとりに、あなたは 本当に文通をしているのではないかと錯覚してしまうことだろう。 　文通を進めていくうちに、文通相手からアイテムをもらうことがある。もらえるアイテムは、 店では買えない貴重なアイテムばかりなので、もらえるチャンスが巡ってきたときは、 遠慮しないで欲しいと言うようにしよう。ただし、あまり欲しい欲しい言っていると、 文通相手に嫌われて、文通が終わってしまうことがあるので注意しよう。
文通相手から手紙が届くのは、ストーリーがある程度進んだ時である。その時には、 主人公が親切に「そろそろ手紙が届く頃か」と教えてくれる。そのままストーリーを 進めてしまっても構わないのだが、文通相手とのやりとりを最後までしたい場合には、 すぐに読み書きすること。１回でも逃すと、最後までやりとりすることはできない。
Holy Knightsシステム 　体験版ではプレイすることができなかったので、かなり影の薄いこのシステム。 しかし、文通システムに匹敵するおもしろさを備えたシステムなのだ。
内容は、Holy Knights事務所で任務を請け負い、その任務を行う、成功すれば報酬がもらえる。 というものである。任務の内容は、「恋を実らせる」「モンスター退治」「七不思議の解明」など多彩で、 任務遂行には仲間キャラクターの個性が存分に発揮される。ここがこのシステムのおもしろさである。
任務を成功させると、ＫＰ（Knight Point）というものがもらえ、それが一定値以上になると、 聖騎士階級があがる。階級が上がると、より難易度の高い、高収入な任務を請け負うことができるようになる。 Ａクラスの任務となると報酬 10000 Ｇもそう珍しくない。後半の資金稼ぎは、雑魚モンスターを倒すよりも、 任務を遂行した方が効率的である。